Los síntomas más comunes en niños suelen ser síntomas digestivos típicos de una celiaquía denominada «clásica», como recoge la guía 0 Gluten:

• Distensión abdominal. Los niños celiacos suelen presentar un físico muy determinado con un vientre pronunciado como claro síntoma de celiaquía. La inflamación intestinal es la que provoca este vientre hinchado tan característico. Suele ir acompañado además de bajo peso y talla.
• Diarreas. Las diarreas son uno de los síntomas más asociados con la celiaquía, aunque no todos los celiacos lo presentan y en ocasiones puede darse acompañada de períodos de estreñimiento, como otro síntoma de celiaquía bastante frecuente.
• Crecimiento por debajo de la media. En algunos casos el único síntoma que lleva a los padres a sospechar de algún problema es un crecimiento por debajo de la media y dificultades para coger peso.
• Los vómitos y naúseas, así como el reflujo también pueden aparecer en los pequeños.
• Anemia ferropénica. Es el síntoma más común de los celiacos. Esta se produce debido al daño al intestino que provoca que éste no absorba los nutrientes dando lugar a distintos déficits, aunque el más habitual es el de hierro. También aparecen déficits de calcio, vitamina B12 y últimamente se ha comprobado que los celiacos  presentan niveles bajos de vitamina D.
• Aftas bucales, problemas en el esmalte de los dientes. Son otros síntomas comunes de la celiaquía, aunque menos conocidos. Así la salud dental de los pequeños también pueden indicar algún problema más relevante. Las aftas bucales son lesiones en forma de círculo que suelen aparecer en las encías.
• Apatía, irritabilidad, hiperactividad. En la literatura médica se han descrito estos trastornos también como síntomas de la celiaquía siempre y cuando vayan acompañados de alguno de los anteriores. Es decir, es frecuente que un niño celiaco sin diagnosticar que presenta distensión abdominal, diarreas y baja talla, pueda ser hiperactivo, mostrarse apática o irritable.
• Dermatitis atópica y otras manifestaciones cutáneas,  son también síntomas de la celiaquía bastante habituales.